
El nivel de contaminación en La Caleta en Progreso continúa siendo preocupantes a pesar de los intentos de las autoridades municipales y el esfuerzo de los pescadores para reducirla. Esto debido a la basura que llega de otros sitios, como la ciénega, y la presencia de combustibles y aceites lubricantes.
Uno de los grandes problemas que presenta el refugio pesquero La Caleta, ubicado en el puerto de Progreso, es la fuerte contaminación que ha prevalecido desde hace muchos años, el cual se aprecia por las altas concentraciones de basura y derrame de combustible y aceites de motor en la zona del manglar y el agua.

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A pesar de las limpiezas constantes que se han llevado a cabo a lo largo de los últimos años, junto con acciones especiales de recoja de basura, los niveles de contaminación no han disminuido, pues las manchas de petróleo y la acumulación de desechos prevalecen en el sitio, afectando de forma directa la flora y fauna del lugar.
Según datos de las autoridades municipales, en las últimas limpiezas realizadas en La Caleta y sus alrededores lograron recoger cerca de 10 toneladas de desperdicios sólidos, pero se estima que la cantidad del sitio rebase los 50.

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Tanto en las orillas como dentro de los cuerpos de agua del manglar, se puede encontrar basura que va desde bolsas plásticas hasta refrigeradores, colchones y demás objetos de gran tamaño.
Finalmente, la presencia de las manchas de combustibles y aceites en el lugar, han provocado que las especies marinas se alejen del sitio, por lo que actualmente no existen en la zona peces ni otras especies acuáticas, sino hasta cientos de metros después.