El chikungunya que llegó a Mérida desde el Caribe dejó una huella que ahora puede seguirse letra por letra. Investigadores de la Universidad Autónoma de Yucatán (Uady) lograron identificar y secuenciar por primera vez en México el genoma completo de una cepa perteneciente al linaje ECSA (África Oriental, Central y Sur), uno de los grupos del virus que actualmente está detrás de nuevos brotes en América.
El hallazgo surgió a partir de un hombre que viajó desde Cuba a Mérida en noviembre del 2025 y que poco después presentó fiebre y otros síntomas compatibles con una infección por arbovirus. La prueba confirmó chikungunya y la muestra fue llevada al Laboratorio de Virología del Centro de Investigaciones Regionales Dr. Hideyo Noguchi de la Uady para determinar exactamente qué virus había llegado al Estado.
Ahí comenzó una investigación que permitió obtener una radiografía genética del patógeno. El equipo encabezado por Henry Puerta Guardo utilizó un secuenciador portátil MinION, de Oxford Nanopore, y herramientas de análisis bioinformático para reconstruir el material genético del virus y establecer su parentesco con miles de secuencias registradas en distintas partes del mundo.
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El resultado confirmó que la cepa corresponde al linaje ECSA y que se agrupa con virus identificados recientemente en Brasil y Cuba. El análisis apunta incluso a que el linaje pudo haberse introducido y diversificado en Cuba después del 2024, aunque los investigadores advierten que todavía existe un importante subregistro genómico en la región.
Una huella distinta
El descubrimiento es relevante porque los virus de chikungunya identificados durante la epidemia mexicana de 2014-2015 pertenecían al linaje asiático. La nueva secuencia yucateca, en cambio, se ubica dentro del ECSA, lo que permite documentar por primera vez en México la presencia de este linaje mediante un genoma completo.
La diferencia no es sólo una clasificación de laboratorio. La secuenciación permite comparar mutaciones, reconstruir relaciones evolutivas y establecer posibles rutas de dispersión. En este caso, la cepa mexicana comparte características con un grupo de virus ECSA recientemente descrito en Brasil y relacionado con secuencias procedentes de Cuba.
Los investigadores encontraron además mutaciones características de ese grupo y otras modificaciones genéticas que podrían ayudar a definir nuevas subramas del virus conforme aparezcan más muestras de la región.
Para la vigilancia epidemiológica, contar con esta información significa pasar de saber simplemente hay chikungunya a determinar qué variante está circulando y con qué virus está relacionada.
El Caribe, bajo la lupa
El hallazgo ocurre mientras el chikungunya vuelve a cobrar fuerza en el continente. De acuerdo con el estudio, durante el 2025 se notificaron más de 300 mil casos sospechosos en Brasil y Cuba, mientras que entre diciembre de ese año y mayo de 2026 México acumuló 31 casos confirmados, incluidos registros en Quintana Roo, Chiapas y Yucatán.
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La investigación también advierte que la vigilancia genómica es desigual entre los países americanos: existen miles de secuencias disponibles de Brasil, pero muchas menos de Cuba y otras zonas del Caribe, lo que dificulta reconstruir con precisión cómo se mueve y evoluciona el virus.
En ese escenario, Yucatán adquiere relevancia por su ubicación geográfica y por ser una zona favorable para la circulación de virus transmitidos por Aedes, los mismos mosquitos capaces de propagar dengue, zika y chikungunya.
El trabajo científico de los especialistas del laboratorio de la Uady, realizado junto con investigadores de la UNAM, instituciones de Estados Unidos, el consorcio ARCC, autoridades sanitarias mexicanas y la OPS, aporta así una pieza que hasta ahora faltaba en el mapa genético del chikungunya en México.
Más que registrar otro caso importado, los científicos consiguieron leer el ADN del virus y ubicarlo dentro de la historia evolutiva del chikungunya que circula actualmente en América. Ese conocimiento puede resultar clave para detectar nuevas introducciones, seguir la expansión de las variantes y anticipar cambios en el comportamiento del patógeno.
